宇宙無邊無際，無始無終，宇宙萬物有其各自的本質。本質體現整個事物的內在涵義及力度，並反應每一事物的價值，那麼究竟什麼是事物的本質？是人們應該明白的。人們明白事物的本質在於更好地掌握和利用事物。研究的基礎同樣是建立在基礎之上，它是建立體系的奠基石。在沒有弄清事物的內在和外在的本質之前，就對事物進行深化是無路可走，只能空費心神毫無結果，只能是徘徊在其邊緣不得其所。因而可看出本質的東西對其未來的影響。另外本質的深度如何也是事物發展前途的另一個標誌。
奇門遁甲的本質在於其預測的結果準確度、時空的跨度、思維的空間度及使用的範圍。這幾個本質因素體現了奇門遁甲的核心思想，同時不同的程度均反應了遁甲的內在本質。它的外在本質在天、地、人中除日、月、星之外，顯得更為深奧和神奇，這是在學習和利用奇門遁甲中必須了解的兩種內、外在的本質，因它是一件事物的完整構成。
其它的預測學與奇門遁甲預測學的本質區別在於思維的空間度，奇門遁甲的思維是多方位，呈立體的多維思維方式。它的這種思維空間在很大的程度上提高了人的素質。遁甲的思路機理與其它預測學的思路機理有著不同的表現，它的表現在於由遁甲中各要素對於預測人、事的影響點，由諸多點而連成一思路軌跡，也就是點構成了立體的麵。這就使得對所反映的人、事有著全面的掌握及把握。其它預測學說只從單一的麵去了解另外的麵，而遁甲是從全面性的鋪開去判斷人、事的進退、成敗等走向，它將天、地、人三者緊密相連構成一個完整的預測系統，再從中預知這個系統之中的未來事態。
因為本質隱含著價值的本身內在基因，由它的本質所反應的價值，使得它在華夏文化之中總保持著特殊的地位，並隨著歷史的變遷有增無減，這就是遁甲的「力度」，奇門遁甲與別的預測學的區別也就是它的特點所在。
悉知奇門遁甲之人，須知遁甲的應用機理。它的預測結果由天、地、人三者在對人事產生作用的四種要素相生、相剋之中而判知。奇門遁甲的四要素及其對應關係如下表所示：
要素 | 對應範疇 | 功能與特點 |
|---|---|---|
九星 | 天 | 代表天上九個星的位置、含義、作用及能量大小；隨人、事勢態變化而轉換方位，原有本質不變但有所引伸 |
八神 | 人 | 以人為中心，隨人、事變化軌跡及太極陰陽遁轉變，尋找最佳方位；為遁甲的主導核心 |
八門 | 地理方位 | 對應東、東南、南、西南、西、西北、北、東北八個方向；每門有特定含義與作用，隨預測對象改變而轉變；是聯繫八神與九宮的樞紐 |
九宮 | 地 | 位置固定，但因內在對應關係變化，結果亦隨之改變；代表地理基礎 |
這四者連成一環鏈的構成體：九星 → 八神 → 八門 → 九宮。這種關係的相生、相剋正好符合宇宙大道，構成了奇門遁甲的內外本質表現。在改變中派生始終貫穿宇宙大道的五行相生、相剋，遵循著宇宙的重演律、同一律和全像統一律等。
奇門遁甲與天、人、地的這種關係恰恰反應了宇宙中的事物發生陰陽變化時的資訊傳遞方式。同一事態的趨向，無論其是過去、現狀、未來的資訊都形成自有的軌跡而儲藏在宇宙之中，它的這種構成形式正好形成一條資訊軌跡與宇宙之中的軌跡合二為一。所以預測的結果的準確度幾乎沒有什麼誤差，這是預測學中最為能夠體現與宇宙的融合程序。奇門遁甲的成功就在於此，也是它本質的高度體現。
一門學術與外界的關係，其實就是其本質所含因素與外界之間的關係，這種關係除形成同屬關係外，還存在著派生的關係。