奇門遁甲的組成結構就是天地人三才氣運變化情況的充分反應。它共設有三盤，將天道北斗九星、十大行星(陰陽五星），地道九宮八卦，人道八門以及三道中之九神有機地綜合，以究天地人三元之情，進而從中觀察掌握其規律，加以運用和發揮。但是由於立足地道，北斗九星以及十大行星(陰陽五星）、八門九神是入於八卦九宮之中，按陰陽順逆的規律，以洛書九宮之數來飛布的。將九星飛布遊行於八卦九宮之上，隨三奇六儀按洛宮之數順逆飛布，是用以來效法大自然氣運的往來消長、升降進退情況。這種氣運的變化情況，就是由於北斗九星和天體中十大行星(陰陽五星）的執行軌跡，隨一年中的四季、七十二候的時間係數，即十二地支變化而形成的時空璇璣能量，對洛書九宮的巨大影響，亦即地球、自轉公轉規律所產生的自然場能形態。
奇門易數兼備天地人三盤道器，是以地盤的角度來運用發揮。在運用中，有機地從三個角度即天、地、人三個方面來建立式盤模型，合三盤而統觀全域性，以決斷吉凶趨避。用十天干來代表天體中的十大行星(陰陽五星），以北斗九星（斗柄所指即“值符”）之運轉為天體執行的璇璣樞紐。再將十大行星(陰陽五星）及北斗九星相互執行而產生的璇璣場能影響之力納入地道九宮。以一年四季時間的執行規律為準繩，模擬觀察探索宇宙時空中萬事萬物的執行變化生成情況。這樣在九宮中，九星及十大行星就會與地球公轉位置的變化，以及七十二候時間變化所導致的氣場能量不同相應。從而來全面反映天體執行所產生的璇璣場能在地上的流行情況，亦即這種場能所造成的地球上陰陽二氣消長的變化情況。這就是宇宙中陰陽二氣的消長現象生成的根本原因。即陽消則陰長，陰消則陽長。陽長陰消，陰生陽息。宇宙永珍無時不動，無時不變，無時不生，無時不化。故萬有無盡，生物無窮。
現在我們先重點探討一下三奇、六儀以及“遁甲”的由來。奇門先哲在創式造器之時為什么要“遁甲”呢？這也是大多研習奇門的學者十分困惑的問題。
既然奇門遁甲以十天干來代表空間體系，即十大行星(陰陽五星）；以十二地支來代表二至節氣變化的相關時間係數，即十二節。而且要將十天干隨河洛九宮數順序；按陰陽逆順的規律分佈，進而以達到與地道氣運和相關的時間契合，融為一體。
那么首先我們就要從天干和地支說起。道家全真龍門派隱宗奇門遁甲，是用十天干（即甲乙丙丁戊己庚辛壬癸）來代表宇宙天體中的十大行星(陰陽五星）。用以描述十大行星對於地球的影響和干擾場能。再用地支（即子醜寅夘辰巳午未申酉戌亥）來代表時間係數和方位的參考系數。以洛書九宮來代表地球上的九個主要方位。以八門（即休死傷杜開驚生景）來代表天地之間萬事萬物開闔運化的門戶。這樣就構建了具有天、地、人三種因素的奇門遁甲整體式盤模型。其以洛書九宮為地盤用來象徵地球，內含有十二地支、八卦以及納甲。這是由於地球的自轉與公轉規律，從而必將造成與其它星體的相互影響關係的充分組合。古代奇門賢哲考慮到天體外星群體對地球產生的巨大影響，因此就將十天干（十大行星）分配到洛書九宮中去，與九宮和內含的地支相結合。從而來模擬地球受天體執行的影響情況。那么將十天干分佈到九位宮中，則會出現有兩乾重宮的問題。須隱藏其一，才能分配均勻，而且要在不違背宇宙時空的自然原則下，合理的將天地人三才有機結合，相互對應匹配。由於我國古代在“時間”的分配運用上，是以六十甲子為單位來進行應用的。就是用十天干與十二地支相配伍，以表天地合一，時空成象。十干配十二支，以甲乾和子支為起始相配伍，按自然順序分別搭配，即甲子、乙丑、丙寅………。以甲至癸十天干配全為一組，稱為“一甲”，從而形成六甲系統單位的格局，這就是“混天六十花甲子”。如果把所謂的時間係數全部體現在九位宮中，就須將混天六十甲子統統分佈九宮。但是在九宮裡排布十天干以後，無論順逆飛布，都會出現一個在九宮裡排列的天干癸均與甲同宮的現象。
“遁甲法”創立的機制和原理
【圖1】六甲系統單元圖甲子乙丑丙寅丁卯戊辰己巳庚午辛未壬申癸酉
甲戌乙亥丙子丁丑戊寅己卯庚辰辛巳壬午癸未
甲申乙酉丙戌丁亥戊子己丑庚寅辛卯壬辰癸巳
甲午乙未丙申丁酉戊戌己亥庚子辛丑壬寅癸卯
甲辰乙巳丙午丁未戊申己酉庚戌辛亥壬子癸丑
甲寅乙卯丙辰丁巳戊午己未庚申辛酉壬戌癸亥
【圖2】十天干冬至一陽生坎宮起九宮順布飛宮
丁
壬
乙
丙
戊
庚
辛
甲 癸
己
【圖3】十天干夏至一陰生離宮起九宮逆布飛宮圖
己
甲 癸
辛
庚
戊
丙
乙
壬
丁
這樣就必需要考慮到在每一旬中（即一甲系統單元），在九宮裡的重幹甲和癸，須有一干潛藏的問題。那么隱藏哪一干，這一干又隱遁在其它九幹中的哪一干中，才能合應天道，又不違地道陰陽消長的氣運變化規律呢？
在洛書九宮裡，以中宮為立極點，名曰“皇極天心”。位鎮中央，臨制八方。道家謂之“中黃”。實為天地萬物運化之樞紐，亦為宇宙萬有變化之指歸。將混天六十甲子從洛書九宮之中開始逐宮分佈。須依據二至氣運變化的自然規律而施行陰陽順逆飛布的方法，這樣才能達到人法地，地法天，天法道，道法自然！
此時混天六十花甲子之首（即甲子）應按八卦納甲之法，以冬至地雷一陽來複，陽遁用坎納戊，從一宮起甲子，按九宮數順布六甲；夏至天風一陰臨生，陰遁用離納己，從九宮起甲子，按九宮數逆布六甲。這是以中宮戊己雙土和合，同納混天之首甲子。此為坎離相蕩，水火既濟之大易功用是也。《參同契》有云：終坤始復，如循連環。康節邵公有詩讚曰：幹遇巽時觀月窟，地逢雷處看天根，天根月窟閒往來，三十六宮都是春。故《周易參同契》又云：“易統天心”。陰陽二遁按甲子隨一、九二宮，以二至氣運順逆飛布九宮。戊土俱歸皇極天心。甲為十天干之首，甲子又為六甲之首，至尊至貴。故以混天六甲之首，即甲子遁於戊土之中而以為正規化耳！
陰陽十八遁之中，唯陰陽五局戊土入天心，中宮皇極至尊之位，甲子可隨之遁進，坐鎮中宮，從而臨制八方，又合河洛書九宮縱橫十五之數，不偏不倚。故以甲子隱遁六戊之中，才能符合天地之理數。此亦即二至還鄉一九宮之遁甲子之法，潛隱中宮之妙用也。
道家隱宗奇門必修之經典《周易參同契》有云：乾坤者，易之門戶，眾卦之母，坎離匡郭，運轂正軸。…天地設位，而易行乎其中矣。天地者，乾坤之象也；設位者，列陰陽配合之位也。易謂坎離。坎離者，乾坤二用。二用無爻位，周流行六虛，往來既不定，上下亦無常。幽潛淪匿，變化於中，包囊萬物，為道紀綱。…坎戊月精，離己日光，日月為易，剛柔相當。土王四季，羅絡始終，青赤白黑，各居一方，皆稟中宮，戊己之功。
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